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PCR定量试剂盒在工业中的应用主要存在一个方法验证的问题，尤其是灵敏度的验证。灵敏度不够，就会发生漏检。另外，PCR所直接面对的样本是DNA，而非病原菌或DNA，因此还需要做DNA抽提，这也是要注意的。
药典规定，生物药厂的主细胞库、工作细胞库、生产终末细胞、检定细胞、病毒种子批和病毒收获液、细胞培养相关材料如培养基、胰酶、临床治疗用干细胞和免疫细胞等，都必须不含支原体。
因此，如能采用PCR检测支原体并替代药典方法，还是能节省很多时间和精力。但PCR定量试剂盒的验证需要完整的方法。灵敏度验证是一个重要方面。灵敏度不够，就会发生漏检。
具体验证可使用10CFU的支原体灵敏度标准品，它一般为冻干粉形式，需要用待测样本的样本基质（需保证里面不含支原体）来复溶，再进行DNA抽提以及PCR检测。如检测的电泳有条带，或者qPCR检测后的Ct值小于40，即表明检测成功。
因此，在选用支原体PCR法检测来替代药典方法时，需要考虑如下两个方面：
一是要使用符合欧洲药典要求，经过验证的支原体检测试剂盒，二是自我验证，即确认所用的样本基质对于该试剂盒方法是合适的，并且操作过程是正确的。小规模的室内验证通常需要采用三个不同批次的试剂盒，然后加入10CFU的标准品，做复孔（通常是8个复孔），并且至少选择3个支原体物种进行验证。
有的支原体标准品厂家会提供CFU与基因拷贝数的比值，以方便二者的换算。因为10CFU只能确定PCR定量试剂盒能够达到的检测限在10CFU以下，但无法具体确定灵敏度的数值。带DNA拷贝数标定的基因组DNA标准品则可进一步确定检测限的数值。
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